از آنجایی كه بیماری‌های عفونی كه در حیوانات اهلی رخ می‌دهد در حیوانات وحشی در بند نیز مشاهده می‌شود، واكسیناسیون در حیوانات باغ وحش با هدف جلوگیری از وقوع بیماری از جمله اقدامات مهم پیشگیرانه محسوب می‌شود. واكسن‌های تجاری موجود تنها برای استفاده روی حیوانات اهلی تست شده و مورد تأیید می‌باشند بنابراین استفاده از آن‌ها در حیوانات وحشی تنها بر اساس تجارب دامپزشكان و اطلاعات محدود می‌باشد.
واكسن‌های كشته ویروسی و باكتریایی بر واكسن‌های تخفیف حدت یافته ویروسی (MLV) ارجحیت دارند. واكسن‌های (MLV) در حیوانات اهلی بدون حدت هستند اما می‌توانند در برخی از گونه‌های حیات وحش بیماریزا گردند به خصوص واكسن هاری. در برخی موارد، استفاده از واكسن‌های (MLV) بر اساس اطلاعات محدود و تجارب دامپزشكان باغ وحش توصیه می‌شوند با این حال مطالعات دقیق همراه با چالش ویروس ندرتاً صورت گرفته است.
در نهایت واكسیناسیون حیوانات بیمار توصیه نمی‌شود و در صورت استفاده از وسایلی چون تفنگ‌های پرتاب سرنگ، باید اطمینان حاصل شود كه حیوان دوز كامل را دریافت كرده است.
جدول واكسیناسیون گونه های مختلف در باغ وحش
| ردیف | نوع حیوان | نام واكسن/ بیماری | نوع واكسن | نوبت اول | بوستر | تكرار سالانه | روش تجویز |
| ١ | سگ سانان (Canidae) (گرگ، روباه، شغال و كایوت و غیره) | واكسن چندگانه شامل دیستمبر، لپتوسپیروز، پاروویروس پارا آنفلوانزا، هپاتیت عفونی سگ | تخفیف حدت یافته | شش هفتگی | دو تزریق دیگر به فاصله ٢١روز | سالی یكبار | SC یا IM بر اساس توصیه شركت سازنده |
| واكسن هاری | کشته | ١٢ هفتگی | - | سالی یكبار | SC یا IM بر اساس توصیه شركت سازنده | ||
| ٢ | گربه سانان (Felidae) (شیر، ببر، پلنگ، یوزپلنگ، گربه وحشی و غیره) | واكسن چندگانه شامل پن لكوپنی، كلسی ویروس، هرپس ویروس | تخفیف حدت یافته | شش هفتگی | دو تزریق دیگر به فاصله ٢١روز | سالی یكبار | SC |
| واكسن هاری | کشته | ١٢ هفتگی | - | سالی یكبار | SCیا IM بر اساس توصیه شركت سازنده | ||
| ٣ | پریمات های پیشرفته (Simians) از جمله گوریل شامپانزه اورانگوتان | فلج اطفال | کشته | ١٦ تا١٤ هفتگی | یك ماه بعد | - | خوراكی |
| سرخك، سرخچه،اوریون (MMR) | تخفیف حدت یافته | ١٦ تا١٤ هفتگی | یك ماه بعد، ٦ ماه بعد | - | SC | ||
| كزار | توكسوئید | ١٦ تا١٤ هفتگی | یك ماه بعد، ٦ ماه بعد | تكرار هر 5 تا ٧ سال | IM | ||
| هاری | کشته | شش ماهگی | - | سالی یكبار | SC یا IM بر اساس توصیه شركت سازنده | ||
| ٤ | كفتارسانان (Hyena) | هاری | کشته | ١٢ هفتگی | - | SC یا IM بر اساس توصیه شركت سازنده | |
| ٥ | خرس سانان (Ursidae) | هاری | کشته | ١٢ هفتگی | - | سالی یكبار | SC یا IM بر اساس توصیه شركت سازنده |
| ٦ | پرندگان | نیوكاسل | کشته | بدو تولد | - | برای شاهین سانان و ماكیان تكرار سالیانه | SC یا IM بر اساس توصیه شركت سازنده |
* بجز راسته های غواص سانان، كشیم سانان، كبوتر دریایی سانان، پلیکان سانان، لک لک سانان و غاز سانان
SC: تزریق زیر جلدی، IM: تزریق داخل عضلانی